加尔各答堡被土邦大军包围的时候，南洋舰队在印度半岛的西海岸包围了葡萄牙人的总部果阿。
南洋舰队的8艘大帆船、东印度公司的2艘盖伦船和7艘小艇、尼德兰人的2艘盖伦船和3艘小艇出现在果阿城外面，要求葡萄牙人放弃抵抗投降。
葡萄牙人作为第一个开启大航海时代的国家，到这个时候也算是倒了八辈子血霉，被波斯人、印度人从附近海岸赶走，据点也先后被尼德兰、不列颠、华夏夺走。
果阿城中此时就有几年前被九州军从马六甲赶走的葡萄牙人，他们没有返回欧洲，而是在被释放后部分迁移到了果阿城。葡萄牙人为了增加对这里的影响力，他们从葡萄牙本土迁移人口过来，还鼓励男子和当地的妇女通婚来增加人口，使得这里的人口达到了将近10000人。
这些人成为了这里的半永久居民，不愿意接受东印度公司的管理，所以他们拒绝了投降。
葡萄牙人在果阿城外面的浅滩、河流一带建造栅栏，还凿沉了部分船只堵塞航道，葡萄牙人的各种战船将炮口朝向联合船队到来的方向。
“葡萄牙人果然没有那么容易投降，他们这是打算要顽抗下去。”邓千龙在观察果阿城的情形。
这座葡萄牙人的总部位于河流入海口，有河流和海滩作为保护，只要有一支强大的舰队，那么土著大军很难攻破果阿城。
但是一旦没法控制河流和海洋，那么果阿城就陷入了困境。
“他们部分性能较好的盖伦船被西班牙国王调回了欧洲，参与和尼德兰人的战争，所以尼德兰人才愿意在这次行动中帮助我们一同围攻葡萄牙人。”佛朗西斯日说道。
“分一支步兵和炮兵到岸上进行围攻准备，在我们消灭他们的船队后从陆地上对他们进行强攻。”邓千龙对这次大围攻充满信心，不过他也做好了付出代价的准备。
葡萄牙人在东印度还是有着一支强大的船队，他们在这里拥有着4艘盖伦帆船、2艘大型桨帆船、30艘小型桨帆船，其中2艘盖伦帆船是几年前从马六甲撤回的船只。如果不是西班牙国王将部分盖伦帆船调往欧洲战场，这里可能有更多的帆船。
对葡萄牙人的大围攻开始了！
葡萄牙人的船队逡巡在海岸，试图阻止联合船队进行登陆行动，联合船队对葡萄牙人的船队展开了激烈的炮击，同时掩护登陆部队乘坐小艇送上海滩。
大海上大炮轰鸣、烟雾弥漫，葡萄牙人的船队受到了猛烈的重创，大魏号风帆战列舰与一艘葡萄牙的盖伦船几乎贴在一起缠斗！
大海上的战斗持续了超过4个小时，其中1艘大型桨帆船和7艘小型桨帆船被南洋舰队的火炮击沉，2艘盖伦帆船被重创！
葡萄牙人见无法阻止对方的部队登陆，他们只好退回了港口之中。
一支步兵和炮兵组成的围攻小队得以在果阿城以南登陆，这支小队由700南洋舰队官兵、200东印度公司的雇佣兵、100尼德兰人，共计1000人。
他们在岸上扎营，同时开始在当地招募挖掘坑道的土著，他们使用货物和金银在当地和葡萄牙人交恶的封建主那里招募了超过5000名土著来进行土木作业。